第20章 很有天赋呀(1/2)
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接下来的一个星期,林晓的生活像是一台精密运转的机器,每一个齿轮都咬合得严丝合缝。
白天的节奏是这样的:上午上课,下午没课的时候就泡机房,有课就上完课再去。
生物化学、分子生物学、线性代数、概率论与数理统计这些课程的作业和预习任务,被他压缩在课间和午餐后的零碎时间里完成。
以前他还会在课间刷刷手机、跟彭博文闲聊几句。
那么现在,这些碎片时间全部被拿来看文献、整理笔记、复习上节课的内容。
下午是机房的专属时段。
GROMACS的学习曲线比他预想的要陡峭得多。
第一天他花了整整两个小时才把一条最简单的多肽链跑通,中间报了十几个错,每一个错都要去论坛里翻帖子、去手册里查参数说明。
但慢慢地,报错越来越少,命令行越敲越顺,从输入文件的准备到能量最小化,从NVT平衡到NPT平衡,最后到生产跑整条流程开始变得顺畅起来。
VMD和PyMOL的学习相对容易一些。
分子可视化的核心不是软件操作,而是知道看什么。
通道的孔径怎么测量?螺旋的旋转角度怎么计算?关键氨基酸残基的侧链构象怎么变化?这些问题想清楚了,剩下的就是对着教程一步一步点了。
至于Python脚本,林晓之前就有一些基础。
他曾经自学过一点编程,虽然算不上精通,但写个数据处理的小脚本还是够用的。
这次需要做的事情不复杂。
从轨迹文件中提取特定原子坐标、计算均方根偏差和均方根波动、绘制离子通过通道时的能量分布曲线。
这些功能都有现成的代码模板可以借鉴,他只需要修改参数、调试运行就可以了。
晚上则是理论学习的黄金时段。
图书馆十点闭馆,他就转战通宵自习室。
课业不能落下。
微积分的作业、线性代数的证明题、生物化学下周的小测,这些都要按部就班地完成。
竞赛的理论储备也不能停。
《计算生物学导论》还差两章没看完,分子动力学模拟的经典论文攒了十几篇没读,力场参数化的原理还有很多细节没吃透。
一天二十四小时,被他拆成了五六个区块,每个区块都有明确的任务,切换之间几乎没有过渡。
以前从机房到图书馆,他会慢悠悠地走,看看路边的银杏叶黄了没有,听听广播里放的什么歌。
现在他走路的速度都快了不少,像是有人在后面赶着走。
彭博文对他的这种状态已经从震惊变成了习惯,偶尔会在林晓半夜回宿舍的时候,迷迷糊糊地从被窝里伸出一只手,竖起一个大拇指,然后翻个身继续睡。
到了周五,大部分事情都按照计划推进得差不多了。
实验设计的初稿已经在机房的实际操作中验证过好几轮,技术路线上的几个关键参数都做了优化调整,预实验的数据也跑出了一组还算像样的结果。
虽然离完美还差得远,但作为竞赛初赛阶段的材料,已经足够说明问题了。
林晓给苏曼晴发了一条消息:“周五一节课结束之后,图书馆碰个头?把各自的进度对一下。”
“好。”
周五下午最后一节课结束,林晓提前十分钟到了图书馆二楼的英语角。
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