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第5章 首个独立课题的突破(1/2)

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冬雪初降,为c校的校园披上了一层银装。在提交了至关重要的基金申请,经历了短暂的心理空窗期后,顾言澈和苏念晴将全部精力重新投入到实验室的日常运营和首个独立课题的推进上。基金申请如同播种,需要耐心等待;而眼前的实验数据,则是需要精心浇灌、期盼早日破土的幼苗。

他们的第一个完全由自己独立构思、主导的课题,延续了博士后的优势,旨在开发一种新的计算与实验相结合的方法,来解析肿瘤微环境中特定免疫细胞亚群的动态相互作用。这是一个典型的交叉学科问题,既需要顾言澈构建精准的数学模型来预测细胞间的通讯概率,也需要苏念晴设计精巧的体外共培养实验和活细胞成像来验证模型的预测。

课题的推进并非一帆风顺。初期,模型的预测与实验观察结果总存在微妙的偏差,像是隔着一层毛玻璃,看不真切。博士生姜宇(计算背景)在处理第一批单细胞测序数据时,遇到了批次效应去除的难题,导致聚类结果不稳定。博士后艾米莉在优化3d细胞共培养体系时,也发现细胞存活率不理想,无法进行长时间观测。挫折感在实验室里悄然弥漫。

顾言澈和苏念晴没有慌乱。他们召开了紧急小组讨论会,将问题摆在桌面上。顾言澈帮助姜宇重新检查了数据预处理流程,引入了更稳健的校正算法,并亲自编写了部分核心代码。苏念晴则和艾米莉一起,泡在细胞房里,逐个环节排查,调整培养基成分、基质胶浓度、培养条件,像做化学实验一样精确控制变量。戴维也利用他的经验,协助进行数据的可视化,试图从不同角度发现线索。

那段时间,实验室的灯光常常亮到深夜。白板上写满了公式、实验条件和待验证的假设。团队成员们虽然疲惫,但在两位pI身先士卒的带领下,士气高昂。顾言澈的冷静分析和苏念晴的耐心鼓励,形成了完美的互补,驱散着不确定性带来的焦虑。

转机出现在一个周五的下午。艾米莉尝试了一种新的培养基添加物后,兴奋地发现共培养体系中的细胞状态稳定了许多,可以支持超过48小时的连续观察。她立刻捕捉了一组时间序列的共聚焦显微镜图像。几乎是同时,姜宇应用了顾言澈改进的算法后,在新的数据集上跑出了清晰得多的细胞聚类和相互作用网络图。

当姜宇将新的网络图投影到会议室屏幕上,艾米莉将动态成像视频同步播放时,令人振奋的一幕出现了:计算模型预测出的几个高频相互作用“热点”,在动态成像视频中,清晰地显示出相应的细胞确实发生了频繁的接触和形态变化!预测与观测,第一次高度吻合!

“看这里!模型预测t细胞亚群A与癌细胞b在区域x有高概率相互作用!”姜宇指着网络图的一个节点,声音因激动而有些颤抖。

“视频对应上了!在区域x,确实观察到了大量的细胞接触事件,而且接触后t细胞出现了活化标志物的上调!”艾米莉指着视频的相应时间点和区域,几乎要跳起来。

顾言澈和苏念晴紧紧盯着屏幕,反复比对数据和图像。顾言澈的嘴角控制不住地向上扬起,眼中闪烁着锐利而兴奋的光芒。苏念晴则捂住嘴,眼眶微微发热,连日来的压力在这一刻化为巨大的喜悦。

“数据可靠吗?重复性如何?”顾言澈强压激动,保持理性。

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